Omics-technieken en gegevensanalyse (B-KUL-I0U28B)
Doelstellingen
Uitbreiding van de kennis van gentechnologie naar genoomschaal, gericht op experimentele analyse van de realisatie van genetische informatie doorheen de verschillende moleculair-biologische niveaus.
De student verwerft inzicht in de meest gangbare technologieën op de verschillende moleculair-biologische niveaus (genoom/transcriptoom/proteoom). De student kan deze reproduceren, de bruikbaarheid inschatten en kritisch evalueren bij specifieke toepassingen aan de hand van concrete voorbeelden, aangereikt door de docent.
Op basis van de complexiteit voor al deze niveaus (DNA/RNA/eiwit/metabolieten) kent en begrijpt de student geschikte hoge-doorvoertechnieken. De student kent en begrijpt de gangbare identificatietechnieken (sequentiebepaling/microarray, massaspectrometrie) en kan de bekomen biologische informatie analyseren en interpreteren, op basis van bioinformatische en experimentele technieken
Begintermen
Kennis van statistiek, wiskundige basis van matrixcalculus, basisbegrippen van bioinformatica (DNA databanken en hun gebruik), kennis van microbiologie, biochemie, gentechnologie.
Volgtijdelijkheidsvoorwaarden
Dit opleidingsonderdeel is een voorwaarde voor het opnemen van volgende opleidingsonderdelen:
I0U20A : Geïntegreerd bio-informaticaproject
Identieke opleidingsonderdelen
Dit opleidingsonderdeel is identiek aan de volgende opleidingsonderdelen:
I0P49A : Bioinformatica en genoomtechnologie
I0U28A : Omics-technieken en gegevensanalyse (Niet meer aangeboden dit academiejaar)
Plaats in het onderwijsaanbod
- Master of Bioinformatics (Leuven) 120 sp.
- Master in de bio-informatica (Leuven) 120 sp.
- Courses for Exchange Students Faculty of Bioscience Engineering (Leuven)
- Master of Biomedical Engineering (Programme for students started before 2021-2022) (Leuven) 120 sp.
- Master of Biomedical Engineering (Programme for students started in 2021-2022 or later) (Leuven) 120 sp.
Onderwijsleeractiviteiten
2 sp. Genoomanalyse (B-KUL-I0V62a)
Inhoud
- Overzicht van genoomcomplexiteit en genoommapping-technieken
- Hoge-doorvoer sequentieanalysetechnieken
- Genoomschaal chemische synthese technieken voor nucleïnezuren
- Bioinformatische analyse van genomen
- Genoomannotatie
- Vergelijkende en metagenoomanalyse
Studiemateriaal
Hand-outs en nota's
Komt ook voor in andere opleidingsonderdelen
1 sp. Transcriptoomanalyse (B-KUL-I0V63a)
Inhoud
- Transcriptoomanalysetechnieken
- Bioinformatische analyse van transcriptoomdata
- Gerelateerde biostatistiek
Studiemateriaal
Cursustekst / slides
Hand-outs en nota’s
Komt ook voor in andere opleidingsonderdelen
2 sp. Proteoom- en metaboloomanalyse (B-KUL-I0V64a)
Inhoud
- Eiwitexpressie en analyse
- Proteoomanalysetechnieken
- Principle van massaspectrometrie
- Peptidomica
- Metaboloomanalyse
- Bioinformatische analyse van proteoomdata
- Voorbeelden en toepassingen
Studiemateriaal
Cursustekst / slides
Handouts en nota’s
Komt ook voor in andere opleidingsonderdelen
Evaluatieactiviteiten
Evaluatie: Omics-technieken en gegevensanalyse (B-KUL-I2U28b)
Toelichting
- Open domeinvragen die peilen naar kennis, begrip, analyse en synthese van het cursusmateriaal
- Techniekvragen: definiëren en illustreren van specifieke technologieën (kennis, begrip en analyse)
- Definitievragen die synthesevaardigheden vereisen
- Oefeningen tijdens het examen die peilen naar de kritische evaluatie en keuze van specifieke technologieën voor specifieke toepassingen