Geïntegreerd practicum in de biochemie en biotechnologie I (B-KUL-G0O57C)

6 studiepuntenNederlands104 urenTweede semesterUitgesloten voor examencontract
POC Biochemie en biotechnologie

Dit practicum ondersteunt theoretische elementen die aangeboden werden in G0O53A Moleculaire biologie, G0O51B Analytische biochemie en G0N20A Dynamische biochemie. De studenten kunnen:
- experimentele procedures volgen (i.e. handvaardigheid en praktische ervaring opdoen) en hierbij gelijktijdig alle veiligheidsregels in acht nemen.
- de verschillende methoden en (basis)technieken in de analytische biochemie, de moleculaire biologie en de enzymologie toepassen en hun werkingsmechanismen alsook die van de de gebruikte toestellen verduidelijken.
- het verband leggen tussen structuur en functie van biomoleculen, o.a. door visualisatie van de bestudeerde biomoleculen op de computer.
- nauwkeurig data verzamelen, verwerken, weergeven en interpreteren; hierbij gebruik maken van geschikte software (bio-informatische analyse, spreadsheets, beeldverwerking en statistiek)
- werken met interne en externe standaarden.
- verbanden leggen tussen verschillende onderdelen van het practicum om het interdisciplinaire karakter van de analytische biochemie, de moleculaire biologie en de enzymologie te begrijpen.
- experimentele procedures, resultaten en besluiten toelichten in geschreven vorm (door het schrijven van een verslag over een bepaald deel van het practicum) en mondelinge vorm (door het geven van een presentatie over een bepaald onderdeel van het practicum).
- experimentele procedures, resultaten en besluiten van collega-studenten begrijpen en kritisch evalueren (peer assessment), evenals die uit de wetenschappelijke literatuur.
- werken in een laboratoriumomgeving, zowel individueel als in teamverband.
- practicumsessies voorbereiden door een eigen werkplan op te stellen en uit te voeren binnen de gestelde tijd.

Elementaire laboratoriumvaardigheden en kennis van laboratoriumveiligheid zoals aangeleerd in de practica van de eerste fase.
Basiskennis van de klassen van (bio)moleculen en hun chemische en/of biologische eigenschappen zoals onderwezen in G0N01C Grondslagen van de chemie, G0N08A Bio-organische chemie, G0O51B Analytische biochemie’, G0N20A Dynamische biochemie en G0O53A Moleculaire biologie.

Je moet voldoen aan een volgtijdelijkheidsvoorwaarde om dit opleidingsonderdeel te mogen opnemen. Volgtijdelijkheid kan STRENG of SOEPEL zijn of een GELIJKTIJDIGHEID inhouden. Ook kan een diplomaNIVEAU als voorwaarde gesteld zijn.
Verklaring:
STRENG: Om dit opleidingsonderdeel op te nemen, moet je geslaagd zijn voor of een tolerantie ingezet hebben voor de opleidingsonderdelen waarvoor dit soort voorwaarde geldt.
SOEPEL: Om dit opleidingsonderdeel op te nemen, moet je de opleidingsonderdelen waarvoor dit soort voorwaarde geldt, gevolgd hebben.
GELIJKTIJDIG: Om dit opleidingsonderdeel op te nemen, moet je ook de opleidingsonderdelen waarvoor dit soort voorwaarde geldt, opnemen of al opgenomen hebben.
NIVEAU: Om dit opleidingsonderdeel op te nemen, moet je ten minste deze graad behaald hebben.


( GELIJKTIJDIG( G0O53C ) OF GELIJKTIJDIG( X0B26B ) ) EN
( GELIJKTIJDIG( G0N20E ) OF GELIJKTIJDIG( X0B44D ) ) EN
( GELIJKTIJDIG( G0O51C ) OF GELIJKTIJDIG( X0B37C ) OF GELIJKTIJDIG( G0O27A ) )

Bovenstaande codes van opleidingsonderdelen stemmen overeen met onderstaande omschrijvingen van die opleidingsonderdelen:
G0O53C : Moleculaire biologie
X0B26B : Moleculaire biologie
G0N20E : Dynamische biochemie
X0B44D : Dynamische biochemie
G0O51C : Analytische biochemie
X0B37C : Analytical Biochemistry
G0O27A : Analytische basistechnieken

Dit opleidingsonderdeel is een voorwaarde voor het opnemen van volgende opleidingsonderdelen:
G0O61B : Eindproject
G00D1A : Geïntegreerd practicum in de biochemie en biotechnologie II

Dit opleidingsonderdeel is identiek aan de volgende opleidingsonderdelen:
X0B43B : Geïntegreerd practicum
X0B43D : Geïntegreerd practicum

Onderwijsleeractiviteiten

6 sp. Geïntegreerd practicum in de biochemie en biotechnologie I (B-KUL-G0O57a)

6 studiepuntenNederlandsWerkvorm: Practicum104 urenTweede semester
POC Biochemie en biotechnologie

Algemeen

- Bereiding en gebruik van buffers
- Het ijken van micropipetten
- Exploratie en visualisatie van biomoleculen via software

Analytische biochemie

- Expressie en opzuivering van GFP

  • Regulatie van genexpressie in bacteriën
  • Cel lysis
  • Zoutfractionatie om eiwitten af te zonderen
  • Centrifugatie
  • Ionenwisselaarschromatografie

- Analyse van opgezuiverd GFP

  • SDS-PAGE
  • Western blotting en immunokleuring
  • Analytische gelfiltratiechromatografie
  • Absorbantie en fluorescentiespectroscopie

- Koolhydraten:

  • Reducerende eigenschappen van koolhydraten
  • Inversie van sucrose

- Lipiden:

  • Bepalen van de kritische micelconcentratie

- Eiwitopzuivering: het opstellen van een scheidingsstrategie (theoretische oefening)
- Aminozuuranalyse (theoretische oefening)
- Lipiden (theoretische oefening)

Dynamische biochemie: enzymologie

- Lactaatdehydrogenase: Km en vmax bepalen in aan- en afwezigheid van een inhibitor
- Trypsine: specifieke activiteit bepalen bij verschillende pH
- Prostaglandine-endoperoxidesynthase (theoretische oefening)
- Carbonzuuranhydrase (theoretische oefening)

Moleculaire biologie

- Genotypering van wild-type en obese muizen

  • Polymerase-kettingreactie om DNA-fragmenten te vermenigvuldigen
  • DNA-analyse via restrictie-enzymen en agarose-gelelektroforese
  • DNA-analyse via sequentiebepaling

- GFP, van groen naar … 

  • Plaatsgerichte mutagenese versus willekeurige mutagenese
  • Transformatie van bacteriën
  • Regulatie van genexpressie in bacteriën
  • Isolatie van plasmide DNA
  • DNA analyse via restrictie-enzymen en agarose-gelelektroforese

- Isolatie en spectroscopische analyse van genomisch DNA uit bacteriën
- DNA-sequenties (theoretische oefening)
- Restrictie-enzymen (theoretische oefening)

Handleiding en extra informatie, beschikbaar via Toledo

- Deelnemen onder toezicht aan laboratoriumsessies ondersteund door bio-informatische werkzaamheden in de PC-klas
- Theoretische oefeningen oplossen
- Uitvoeren van opdrachten

Evaluatieactiviteiten

Evaluatie: Geïntegreerd practicum in de biochemie en biotechnologie I (B-KUL-G2O57c)

Type : Permanente evaluatie zonder examen tijdens de examenperiode
Evaluatievorm : Presentatie, Medewerking tijdens contactmomenten, Vaardigheidstoets
Vraagvormen : Meerkeuzevragen, Open vragen, Gesloten vragen
Leermateriaal : Formularium, Rekenmachine


De evaluatie gebeurt tijdens het semester en is gebaseerd op

  • Permanente evaluatie (50%)
    • Attitude: de voorbereiding van de proeven via gerichte individuele bevraging bij aanvang van het practicum (prelab test), de inzet tijdens de uitvoering van de proeven, het volgen van Goede-Laboratorium-Praktijken (GLP) en naleven van de veiligheidsvoorschriften tijdens de uitvoering van de proeven
    • Het bijhouden van een laboschrift
  • Opdrachten met beoordeling
    • Presentatie over een bepaald onderdeel van het practicum (20%)
  • Schriftelijke vaardigheidstoets (gesloten boek) in de laatste week van het semester over het geheel van de uitgevoerde experimenten (30%). Er mag gebruik gemaakt worden van een formularium en een niet-grafisch rekentoestel. Alle andere elektronische hulpmiddelen zijn niet toegestaan.

De deelname aan de practica en de vervulling van de bijhorende taken zijn verplicht. Afwezigheid is enkel gewettigd in geval van medische redenen of bijzonder aantoonbare familiale omstandigheden (te staven via een officieel document). Bij afwezigheid dient de docent of assistent zo snel mogelijk geïnformeerd te worden, bij voorkeur voor de aanvang van het practicum. Het gemiste practicum moet ingehaald worden volgens afspraak met de practicumcoördinator. Een student die ongewettigd afwezig is op één van de practica, krijgt automatisch een onvoldoende. Het opleidingsonderdeel wordt dan beschouwd als niet afgelegd (NA). Systematisch verwaarlozen van één of meerdere geëvalueerde onderdelen leidt tot strafpunten.

Dit opleidingsonderdeel kan niet getolereerd worden.

 

Er is geen tweede examenkans.