Verplicht in fase
Optioneel in fase
Tweede semester
Beide semesters
Niet ingericht
Dit jaar
Volgend jaar
Wisselende jaren
Extern
Voorwaarden
Identieke opleidingsonderdelenGenoom-, proteoom- en metaboloomanalyse (B-KUL-G0G57A)
Schoofs Liliane (coördinator) | Schoofs Liliane | N. Doelstellingen
De student
- heeft kennis en inzicht in de “-omics”-technologieën en hun basisprincipes die gehanteerd worden in modern biologisch en biochemisch onderzoek, in het bijzonder deze uit de genomica, transcriptomica, proteomica en metabolomica;
- kan kritisch reflecteren over de verschillende omics-technieken en hun mogelijke practische toepassingen;
- kan experimentele data die bekomen werden met deze technologieën met behulp van gespecialiseerde software-tools verwerken, analyseren en interpreteren;
- kan de omics-technologieën die vermeld worden in een onderzoeksartikel uitleggen, en de ermee bekomen resultaten en hieruit afgeleide conclusies toelichten;
- is in staat om specifieke omics-experimenten voor te stellen voor het oplossen van een gegeven biologische onderzoeksvraag.
Begintermen
Basiskennis in moleculaire biologie, gentechnologie, biochemie, bio-informatica
Identieke opleidingsonderdelen
Dit opleidingsonderdeel is identiek aan de volgende opleidingsonderdelen:
G0R70A : Genome, Proteome and Metabolome Analysis
Plaats in het onderwijsaanbod
Onderwijsleeractiviteiten
5.3 sp. Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse (B-KUL-G0G57a)
NederlandsWerkvorm: Opdracht
39 uren
Eerste semesterSchoofs Liliane | N. Inhoud
Inleiding: terminologie
I. Genoomsequencing
- Hiërarchische en shotgun-sequencingstrategieën
- de novo versus her-sequencing
- Next-generation sequencingplatformen
- Analyse van genoominhoud
II. Transcriptomica
- Hybridisatie-gebaseerde methoden
- Sequencing-gebaseerde methoden
- PCR-gebaseerde methoden
III. Proteomica
• Detectiemethoden van proteïnen
• Scheidingsmethoden
- Staalvoorbereiding
- Eén- en tweedimensionele gelelektroforese
- Eiwitblotting
- Gelvrije proteomics: multidimensionele chromatografie, peptidomica
- Screeningsmethoden van chromatografische fracties: bioassays
• Identificatiemethoden
- Edman-degradatie
- Massaspectrometrie
- Koppelen van proteïne-scheidingsmethoden aan MS
- Kwantitatieve proteomica: Isotoop-labellingsmethoden
- zoekmachines voor de identificatie van proteïnen met MS
IV. Interactomica
- Methoden voor in kaart brengen van eiwit-eiwitinteracties
- Interactiedatabanken
- Interactienetwerken
V. Metabolomica
- Fourrier-Transform massaspectrometrie
- Elementcompositieanalyse
- Metabolietdatabanken
VI. Bioinformatische methoden voor de dataverwerking bij proteomica, transcriptomica en metabolomica
Studiemateriaal
Cursusnota’s en pdf’s van onderzoeksartikels in Toledo
Toelichting werkvorm
Er zijn geen hoorcolleges. De studenten wordt gevraagd om zich via begeleide zelfstudie de cursusleerstof eigen te maken. Daarbij is er wel begeleiding voorzien.
0.7 sp. Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse: Werkzittingen (B-KUL-G0G58a)
NederlandsWerkvorm: Opdracht13 urenEerste semesterSchoofs Liliane | N. Inhoud
Zie inhoud hoofdcursus
Studiemateriaal
- Cursusnota’s en handleiding op Toledo
- Vrije software en web-tools
Toelichting werkvorm
Er zijn geen hoorcolleges. De studenten wordt gevraagd om zich via begeleide zelfstudie de cursusleerstof eigen te maken. Daarbij is er wel begeleiding voorzien.
Evaluatieactiviteiten
Evaluatie: Genoom-, proteoom- en metaboloomanalyse (B-KUL-G2G57a)
Toelichting
Het examen is schriftelijk en bestaat uit twee gedeelten, beiden gesloten boek. Het eerste gedeelte (40% van de totaalscore) handelt over genomica, transcriptomica en interactomica en bestaat uit open vragen. Het tweede gedeelte (60% van de totaalscore) handelt over over massaspectrometrie, proteomica en metabolomica en bestaat uit open vragen, meerkeuze-vragen en oefeningen. Het eindcijfer is de optelsom van beide deelcijfers. Voor beide gedeelten is echter een minimale score van 10/20 vereist. Een score lager dan 10/20 voor een van beide gedeelten leidt tot aan eindcijfer van ≤ 9/20.