Inhoud

1.    Biologische databanken
a.    GenBank, Entrez queries
b.    FASTA/GenBank/EMBL formats
c.    RefSeq
d.    UniProtKB
e.    Sequence features + GFF format
f.    Entrez Gene
g.    MGI, FlyBase, WormBase
h.    Gene Ontology
i.    Phenotypes, OMIM
j.    Genome Browsers UCSC & Ensembl + tracks + custom tracks
k.    UCSC Table Browser & BioMart
2.    Biologische Data Analyse
a.    gene prediction (geneid)
b.    pairwise sequence alignment & homology (dotplot, scoring matrices, BLAST algorithm)
c.    gene set analysis (from microarray data): GO over-representation, identifier mappings (BioMart)
d.    pattern matching (promoter motifs, IUPAC, protein motifs, prosite patterns, sequence randomization, miRNA targets)
3.    Bioinformatica & IT vaardigheden (doorheen de cursus)
a.    Text editor (notepad, wordpad, WinEdit)
b.    Excel (formules, tab-delimited, relative copy)
c.    sensitivity, specificity, positive predictive value
d.    normal distribution, z-score
e.    secure shell, putty, terminal, command line interface, FTP get/put
f.    linux basis commands (ls, cd, mkdir, grep, cat, less, sort, ...)
g.    linux process & pipe
h.    flat-file databases & text indexing
i.    relational databases, MySQL, 3-tier software architecture
j.    EMBOSS tools on linux (fuzznuc, fuzzpro, seqret, showfeat, infoseq, cpgplot, transeq, revseq, extractseq, getorf, plotorf, tcode, water, dottup)
k. voorzichtige inleiding tot programmeren met Python

Doelstellingen

Toepassen van technieken in statistiek en informatica om biologische data efficient te beheren, te bekomen, te verwerken, te integreren, en uiteindelijk te gebruiken om wetenschappelijke hypothesen te formuleren.
De studenten kunnen de meest geschikte methode en tools voor een data analyse probleem kiezen en gebruiken.

Beschrijving leeractiviteit

Toepassen van aangeleerde analyse-methoden op biologische vraagstukken. Een complex vraagstuk opsplitsen in deelproblemen; relaties leggen tussen verschillende soorten biologische data; voor elk deelprobleem een geschikte analyse-methode selecteren (uit een groot aanbod van mogelijkheden) en de uitkomsten combineren. Tevens de diverse aangeleerde IT vaardigheden kunnen combineren. Nadenken over computationele voorspellingen, hoe accuraat zijn ze, wat betekenen ze.

Studiemateriaal

Toledo:

• slides uit de les
  
• extra slides met oplossingen van bepaalde oefeningen
  
• extra leesmateriaal en achtergrond (bv. artikels of slides)
  
• discussieforum

Inhoud

In de werkzittingen komen toepassingssoftware  en oefeningen aan bod. Door oefeningen op computer worden beide delen geïntegreerd en geïllustreerd. Verder worden oefeningen aangeboden via Internet (practicum on-line).

Doelstellingen

Praktische oefeningen illustreren de cursus. De student leert eenvoudige programma's schrijven in Visual Basic en perl en leert de uitvoering van de meest courante statistische tests

Beschrijving leeractiviteit

Naast de illustraties tijdens de les (met laptop en WiFi toegang) worden er sessies in PC-klassen gegeven waar installatie van extra (vrij toegankelijke) software vereist is.

Studiemateriaal

Het studiemateriaal bestaat uit een syllabus met oefeningen op Internet

Inhoud

Tijdens de onderwijsleeractivteit "Inleiding tot de literatuur" maken de studenten kennis met diverse aspecten van het tot stand komen, raadplegen en interpreteren van wetenschappelijke literatuur.
Het gebruik van PubMed en diverse andere databases (o.a. Web of Science) om wetenschappelijke informatie en literatuur op het internet op te zoeken wordt aan de studenten uitgelegd en gedemonstreerd tijdens een introductieles/oefenles in een PC-lokaal onder begeleiding van een medewerker van de Biomedische Bibliotheek Gasthuisberg (duur: 2u).
Daarnaast worden de studenten onderverdeeld in groepen van ongeveer 6 studenten, die elk begeleid worden door een docent (tutorship). De samenstelling van de groep wordt gebaseerd op de keuze (1ste, 2de en 3de keuze) van de studenten voor een wetenschappelijk onderwerp, dat verschillende betrokken docenten aan de hand van een korte omschrijving op Toledo hebben voorgesteld. Een rondleiding in de Biomedische Bibliotheek Gasthuisberg bij aanvang van de onderwijsleeractiviteit en een rondleiding in het laboratorium/afdeling van de docent maken deel uit van deze onderwijsleeractiviteit.
In 4 à 5 sessies van 1 tot 1.5u leren de studenten onder andere door middel van demonstraties, voorbeelden en praktische oefeningen:
- de opbouw van de belangrijkste types wetenschappelijke artikelen en verschillende soorten tijdschriften te onderscheiden
- naar een artikel te verwijzen, zelfstandig een artikel in de biomedische bibliotheek op te zoeken
- de waarde van een tijdschrift te beoordelen
Studenten zullen onder begeleiding een overzichtsartikel en een onderzoeksartikel, die de docent voorgesteld en ingeleid heeft, gezamelijk analyseren op type/vorm, wetenschappelijke inhoud en waarde.

Doelstellingen

Tijdens het opleidingsonderdeel "Inleiding tot biomedische literatuur" leren de studenten relevante wetenschappelijke informatie op te zoeken, te interpreteren en beoordelen ter voorbereiding op latere opleidingsonderdelen binnen de lijn wetenschappelijk onderzoek.

Beschrijving leeractiviteit

Introductie/oefenles in PC lokaal, waarbij de studenten leren literatuurdatabases doorzoeken
Interactiecollege, waarin de studenten kennismaken met diverse aspecten van publiceren, analyseren en refereren van onderzoeksresultaten
Groepswerk: gezamenlijke analyse van een overzichts- en onderzoeksartikel

Studiemateriaal

Wetenschappelijke literatuur (biomedische bibliotheek en internet)